Et ainsi fut fait à Genève, le 26 octobre 1553, au sommet de la colline appelée Le Champel. Nous ne donnerons pas les détails du supplice : il fut épouvantable, les fagots destinés à brûler l’hérétique étaient en trop petit nombre, et encore humides de la rosée du matin; ils flambèrent difficilement; pendant plusieurs heures le malheureux Servet ne put mourir, criant : « O malheureux que je suis, qui ne peux terminer ma vie ! Les deux cents couronnes que vous m’avez prises, le collier d’or que j’avais au cou et que vous m’avez arraché, ne suffisaient-ils pas pour acheter le bois nécessaire à me consumer!… O Dieu éternel, prends mon âme!… O Jésus, Fils du Dieu éternel, aie pitié de moi!… »

Le livre la Restauration du christianisme (Christianismi restitutio), qui fit brûler Servet, est considéré comme le plus rare de tous les livres connus. C’est un in-8o de 734 pages, qui fut imprimé à Vienne (Dauphiné), dans un atelier secret, par Balthazar Arnollet. Il n’en reste que deux exemplaires, un qui est à la Bibliothèque de Vienne en Autriche, l’autre qui se trouve à notre bibliothèque nationale. Ce dernier exemplaire porte des traces manifestes de brûlures; il fut, tout porte à le croire, arraché des flammes du bûcher de la place Charnève. Mais ce qui a fait surtout, dans l’histoire de la médecine, la célébrité et la renommée de cet ouvrage, c’est que les pages 169 à 171 donnent des détails anatomiques et physiologiques qui prouvent sans conteste que le martyr avait une idée très nette et presque complète de la circulation pulmonaire ou petite circulation, et que, s’appuyant sur ce passage du Christianismi restitutio, on a, depuis plus de deux siècles, déclaré Servet comme l’auteur immortel de cette grande découverte, qui devait conduire à la compréhension de la grande circulation sanguine.

En 1903, une stèle a été érigée à Champel, sur l'emplacement du bûcher, avec ces mots : «Fils respectueux et reconnaissants de Calvin, notre grand réformateur, mais condamnant une erreur qui fut celle de son siècle et fermement attachés à la liberté de conscience selon les vrais principes de la Réformation et de l'Évangile, nous avons élevé ce monument expiatoire».